第一种付费分成模式将允许用户免费阅读作品部分章节，在此基础上，如果读者希望阅读全本内容，则需要通过网络支付通道支付一定费用，即可将该电子作品存储至自己的个人文库并进行在线全本内容阅读。而经由百度文库收取的费用将与版权方分成，目前分成的详细比例未定，百度仅将其描述为大部分比例将划拨给版权方所有。
第二种广告分成模式则允许读者免费阅读整部作品，但百度文库会在确保用户的阅读体验前提下，在作品阅读页面适当位置开发和放置相应广告内容，使作者或版权方获取相应收入。
与此同时，针对一些目前暂时尚无法提供全本合作的版权方，百度文库也给予了足够的关注。版权方可以提供部分新书介绍和免费章节内容，通过文库书店平台，进行新书推广，宣传新书信息，帮助版权方带动实体图书销量。
为保护作者版权，百度文库最近加速对文库中可能侵犯他人著作权的文档清理，以及开设绿色举报通道等。除此之外，一项名为“版权作品DNA比对识别”的技术应用预计将于4月11日上线试运行，该技术将通过后台识别技术，进行网友上传文档与正版资源的对比审核，从源头上阻止侵权文档的上传。
百度文库相关负责人表示，百度非常重视版权的保护问题，同时也希望与版权方建立长期的合作关系，引入丰富的内容，为广大网友提供一个正版内容的阅读平台，同时为版权方构建一个宣传、获益的营销阵地。
对于百度文库问题，CEO李彦宏28日在深圳IT领袖峰会上首次对外回应，表示如果内部管理不好，将会关掉。而在昨天，百度对外宣布，截止到3月29日中午12时，百度文库的清理工作已取得显著成效，文库中非授权文学类作品基本清空。据官方介绍，用户目前已经无法上传从其他网站获取的小说文档。
